1. Closing the Book
Prólogo: presenta a Amanda Ripley y el motivo de su viaje a la estación Sevastopol.
2. Welcome to Sevastopol
Primeros pasos en la estación, todavía sin amenazas graves. Buen momento para acostumbrarte a los controles de sigilo básicos.
3. Encounters
Primeros encuentros hostiles con humanos y androides Working Joe — el Alien todavía no ha aparecido.
4. Seegson Communications
Misión centrada en restablecer las comunicaciones de la estación.
5. The Quarantine
Zona en cuarentena con reglas de acceso propias y más presencia hostil que las misiones anteriores.
6. The Outbreak
Contiene spoilers de trama. El Alien aparece como amenaza activa y constante a partir de aquí — el enfoque del juego cambia de golpe.
7. Seegson Synthetics
Contiene spoilers de trama. Más presencia de androides Working Joe, con patrones de patrulla distintos a los del Alien.
8. Haven
Contiene spoilers de trama. Refugio temporal de supervivientes dentro de la estación.
9. Beacon
Contiene spoilers de trama. Misión centrada en localizar y activar una baliza de la estación.
10. The Trap
Contiene spoilers de trama. Sección con más presión de sigilo que las anteriores, con el Alien especialmente activo.
11. Hazard Containment
Contiene spoilers de trama. Gestión de una zona de riesgo dentro de la estación, con peligros ambientales añadidos.
12. Synthetic Solution
Contiene spoilers de trama. Exige colarte entre varios Working Joes para detener una purga de la red — paciencia antes que velocidad.
13. Consultation
Contiene spoilers de trama. Centrada en reducir las capacidades de seguridad de la IA Apollo que gobierna la estación.
14. The Descent
Contiene spoilers de trama. Enfrenta Facehuggers (una amenaza distinta al Alien adulto) y exige sobrecargar un reactor.
15. The Message
Contiene spoilers de trama. Avanza la trama central sobre el origen de la señal que trajo a Amanda a Sevastopol.
16. Transmission
Contiene spoilers de trama. Misión de comunicaciones ya en el tramo final de la campaña.
17. Desolation
Contiene spoilers de trama. La estación se siente cada vez más vacía y hostil según se acerca el desenlace.
18. Tomorrow, Together
Contiene spoilers de trama. Penúltima misión, con decisiones que afectan directamente al desenlace.
19. Last Survivor
Contiene spoilers de trama. Misión final de la campaña principal. No confundir con la DLC del mismo nombre, ambientada en el Nostromo de la película original.