Neo Cortex y el Dr. N. Tropy
Neo Cortex se une al Dr. Nefarious Tropy, el maestro del tiempo de la saga, para aprovechar el caos generado por la Fisura Cuántica en su propio beneficio, en lugar de intentar detenerlo. Ambos abandonan a Uka Uka a su suerte para actuar por su cuenta, convencidos de que el descontrol dimensional les ofrece una oportunidad única de hacerse con un poder mayor del que nunca han tenido.
Dato clave: Dingodile no es aliado de Cortex en esta historia — está retirado de la maldad y dirige su propio restaurante, y solo se ve envuelto en el caos cuando ese negocio se incendia por culpa de la Fisura Cuántica, terminando por ayudar sin querer a Crash y Coco.
La verdadera villana: una N. Tropy alternativa
Conforme avanza la historia, se revela que existe una versión alternativa del Dr. N. Tropy, procedente de la misma dimensión que Tawna, que ha estado manipulando tanto a Cortex como al N. Tropy original desde las sombras. Esta N. Tropy alternativa es la verdadera cerebro de todo el plan, y se revela que fue ella quien mató a la Tawna de su propio universo, un giro que redefine por completo el papel de ambos villanos "originales" como simples piezas de un plan mayor.
El desenlace
Al final de la historia, Neo Cortex termina traicionado por N. Tropy, mientras que Uka Uka —encerrado durante la mayor parte de la trama tras ser abandonado por quienes deberían ser sus aliados— ve cómo su intento inicial de fuga desencadenó, sin que él lo controlara en ningún momento, todo el conflicto que protagoniza el juego.